故事发生在2003年的夏天，朵朵（杨子姗 饰）是刚刚踏出校园大门的应届毕业生，对未来充满了希冀和幻想。一次偶然中，朵朵和一个名叫贺言（郑恺 饰）的男人产生了矛盾，两人互不相让闹得不可开交。之后，朵朵在机缘巧合之下进入了贺言所在的公司工作，贺言成为了他的上司。 表面上，贺言是一个游手好闲吊儿郎当的男人，但实际上，他的内心里一直留存着游戏制作人的梦想。在了解到了贺言的梦想后，朵朵对他刮目相看。一场意外中，贺言坠楼双腿无法行走，陷入了人生的低谷，是朵朵不离不弃的陪伴在他的身边，鼓励他重新振作起来。
童四季（贾青 饰）自幼便失去了父母成为孤儿，身为家中的大姐，她不得不担负起照顾弟弟妹妹的责任。在四处谋生的过程中，童四季结识了名为易奕（张晓龙 饰）的冷酷总裁，在接触的过程中，童四季的坚强和善良打动了易奕，两人走到了一起。易奕的母亲杜鹃（林静 饰）在偶然之中发现童四季的 真实身份，为了避免自己曾经的谎言被拆穿，她欺骗易奕童四季是和他有着血缘关系的姐姐。 信以为真的易奕感到非常的痛苦，为了不耽误童四季，易奕假装自己移情别恋，迎娶了童四季的妹妹小夏（蓝盈莹 饰）。然而，在婚礼当天，杜鹃一手谋划的阴谋还是败露了。
本剧是一部描写现代家庭情感的电视剧，导演和主创人员皆为电视剧《红蜘蛛》的原班人马。每两集一个故事，通过对十个具有典型性的“问题家庭”的案例分析，向人们提出警示—该以怎样的态度面对家庭矛盾，以维持家庭的圆满，避免悲剧的发生，促进社会的安定团结。剧中通过十个家庭案件，揭示出个人内心的虚弱，描绘了人们由于情感错位引起的犯罪。导演将通过“情感十戒”向观众警示：每个人都应保持对生存的警戒，坚守生存规范。 该剧延续了《红蜘蛛》的纪实风格，并且加强了整体的艺术性。都晓介绍说，《家庭档案》不完全是纪实，但故事却力求真实，贴近老百姓的生活。为此，在演员的选择上剧组拒绝大腕加盟，选用一些实力很强的演员，除了史可、李婷、刘冠军等几位观众熟悉的演员外，大多数演员都是新面孔。
