在一座远离大城市的乡下小镇，生活这一群单纯可爱的孩子。一年级的男孩正也清秀胆小，与他的身高完全不符。上学的路上必须穿过一片阴暗的树林，这里简直成为他的梦魇。幸亏有秋代存在，让正也有所依靠。秋代是一名正读二年级的女孩子，虽然她个子矮矮，身高还赶不上正也，但是她爽朗外向，真的想大姐姐一样照顾这个怯懦的小弟弟。在一次下学路上，秋代拿着的紫斑风铃草被两个淘气的孩子弄烂。看着她哭泣的样子，正也决定鼓起勇气走入那片他不敢涉足的森林，采到密林深处的紫斑风铃草。 这是正也的挑战，也是一次对秋代的考验……
狡猾且诡计多端的Urfin发现了一种神奇的魔法粉，这种魔法粉可以赋予任何事物以生命。Urfin由此制造了听命于自己的木头人士兵队，并凭借庞大的军队统治了翡翠城。但是一个名叫Dorothy的女孩也在这时来到了翡翠城。她要帮助她的朋友们——稻草人、铁皮人和狮子，打败邪恶的Urfin，重建家园。
每年节日到来之际，卡西莫多（汤姆·休斯克 Tom Hulce 配音）都会敲响巴黎圣母院里的大钟，在传说中，听到钟声的人大声喊出他们的恋人的名字，两个人就会永远的在一起。但是没有人知道，当钟声响起，失去了爱人的卡西莫多内心里有多么的寂寞。 一个神秘的马戏团来到城里演出，实际上，贪婪而又邪恶的团长萨罗斯（迈克尔·麦基恩 Michael McKean 配音）另有所图，他真正的目的是偷取巴黎圣母院的大钟。为了接近大钟，萨罗斯派出了性感美艳的助手玛丽莲（詹妮弗·洛芙·休伊特 Jennifer Love Hewitt 配音），想让玛丽莲诱惑卡西莫多令其放松警惕，哪知道玛丽莲被善良的卡西莫多感化了。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
