由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和神秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用制造一起炸弹恐怖袭击。与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗（广末凉子 配音）怀疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查丈夫的行踪。时间流逝，险恶的阴谋浮出水面…… 本片为《名侦探柯南》漫画连载二十周年的特别企划，编剧请到《盗钥匙的方法》的导演/编剧内田贤治担纲，香川照之、广末凉子受邀为《盗》中自己的角色再度配音。
阴云密布的高谭市，自蝙蝠侠消失的十年里，变种人团伙为非作歹，变本加厉，将这座繁华城市变成充满恐怖和凶杀的罪恶王国。嫉恶如仇的吉姆·戈登探长（大卫·塞尔比 David Selby 配音）行将退休，却不免成为变种人下一个袭击的目标。随着双面人哈维·登特（韦德·威廉姆斯 Wade Williams 配音）走出精神病院，高谭市被带入更加阴冷的黑暗之中。与此同时，富翁布鲁斯·韦恩（彼得·威勒 Peter Weller 配音）置身事外，享受着养尊处优的上流生活。而旧日记忆的复苏，一步步引导着他再次拿起搁置已久的战斗服。夜幕降临，老态龙钟的蝙蝠侠穿梭城市的阴暗角落，以无情的手段惩治恶徒。 正义战士归来，正邪之争日趋白热化……
