2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地…… 本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。
男孩西葫芦（加斯帕德·施拉特 Gaspard Schlatter 配音）自幼被父亲抛弃，同母亲一起过着相依为命的生活。不幸的婚姻让母亲依赖酒精度日，常常苛责殴打西葫芦，可即便如此，在西葫芦的内心里，母亲依然是他最信赖的人。一场意外中，母亲从楼梯上跌落不幸死去，西葫芦成为了孤儿，亦背负上了杀死母亲的“罪名”，无处可去的他被送入了教养所。 在那里，西葫芦结识了西蒙（波林·雅库 Paulin Jaccoud 配音）、爱丽丝（埃斯特尔·亨纳德 Estelle Hennard 配音）等孩子，他们虽然性格迥异，但都有着同样悲惨的遭遇。某日，教养所里新来了一个名为卡米尔（西斯汀·穆拉特 Sixtine Murat 配音）的女孩，她的出现瞬间吸引了西葫芦的目光。
菲力在蚂蚁王国里并不怎么受欢迎，尽管他发明了先进的收割机，然而阴差阳错，他竟然惹了大祸，公主妹妹小不点因此被蝗虫敌人捉去，而且蚂蚁的粮食也受到了蝗虫的威胁。即使菲力救出了小不点，但还是被赶出蚂蚁王国。只有他在外面的世界找到了对付蝗虫的办法，才有可能回到家园。 菲力在城市中遇到了马戏团的一队昆虫。爬虫、蝴蝶、瓢虫、臭虫，他们都似乎身怀绝技，令菲力十分兴奋，于是菲力把他们请回蚂蚁王国对付蝗虫。一场恶战即将开始，昆虫们愈战愈勇，和菲力一同投入到斗争中。智勇双全的菲力也终于回到了蚂蚁王国中，受到大伙儿的赞赏。
森林守护者 刚刚失去母亲的少女玛丽·凯瑟琳“M.K”（阿曼达·塞弗里德 Amanda Seyfried 配音）乘坐出租车来到一座几乎与世隔绝的大森林。这里生活着他的父亲，一个坚信森林里生活着矮人族的科学家，为了找到这些小生灵，他不惜牺牲家庭和婚姻。玛丽到达的那天刚好是夏至和满月，一个百年一次的特殊日子。包围着森林绿色和祥和的森林守护者的女王塔拉（Beyoncé Knowles 配音）将在这天选出继承人，然而他们的死对头Boggan人却要想方设法阻止继承人的诞生，这样便可以顺利地将腐烂和死亡的气息带到森林每一个角落。 并不相信父亲说法的玛丽意外卷入两个矮人族的存亡纷争之中，而她也和数名森林守护者的勇士们肩负起保卫森林的重任……
