21世纪，一直以来隐藏在历史暗处的兽人们的存在开始为人所知。曾是普通人类的影森满，某天突然变成了狸兽人。她为了逃避人类而前往的兽人特区“动物都市”，是十年前兽人为了像兽人一样活着而建造的兽人专属的城镇。满在那里与厌恶人类的狼兽人·大神士郎相遇，并和他一起行动。在此期间，她学习到自己在人类世界所不知道的“兽人们”的烦恼、生活以及喜悦。满为何会变成兽人呢？就在追寻谜底的过程中，她自身也被卷入了意想不到的巨大事件当中
高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。 某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？
