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与地球不同次元，名为“疫苗界”的地方是个和平稳定、四季如春的世界。某天，封印在那里的病毒大王“暗魔”逃了出来，往地球的方向逃亡。正为此事烦恼的疫苗界女神“玛雅”命令见习守护兽“麦丸”去追捕暗魔及暗魔所生出来的病毒。 对于其他次元的事一无所知的地球中，有一位不怎么出名的新人偶像——中原小麦。她在池袋的一个会场工作时，奉命追逐病毒却反而被攻击受伤的麦丸从空中掉了下来。被小麦抱住的麦丸感受到了她爱的力量，于是将魔法手杖交给小麦，说明了事情原委。虽然小麦对这件突如其来的事情感到困惑，但是由于她单纯且对有困难的人无法见死不救的个性，便一口气答应下来…。 于是，小麦除了担任魔法少女之外，还要从事偶像的工作，而学校也不能不去，小麦变成了一个大忙人。话说回来，她能够用爱的魔法拯救地球吗？ 收起
舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。
在這眾人都會魔法的世界，魔力高低成為了衡量地位的標準，而不會使用魔法的人則會遭到處決。馬修天生不會使用魔法，被養父藏匿起來照顧。他為了自己跟家人能平安生活，決定用長年鍛煉出來的一身肌肉與世界抗衡。
