《犯罪現場》以通缉犯徐糠伏尸屋事件开始，负责调查的警官林法栋（张继聪 饰）发现涉及一宗一个月前的劫案，当中同谋包括汪新元（古天乐 饰）、红毛（凌文龙 饰）与欧阳（李灿森 饰），而犯罪现场唯一目击证人是一只鹦鹉，林法栋锁定汪新元为嫌犯。不过案情卻不如想像中直接……
大伴恭一（大仓忠义 饰），从学生时代起就只与“喜爱自己的女性”交往，不断重复着被动的恋爱，也因为优柔寡断的性格而不断地出轨。大学后辈今之濑涉（成田凌 饰）作为出轨调查员在接受主人公妻子的委托后，某日与前辈大伴恭一时隔7年再次相遇，突然向其告白「从很早以前就一直喜欢你了」，并用为其隐瞒出轨事实作为代价要求前辈以身体来交换。在被今之濑死缠烂打地靠近和追求下，最终恭一也体会到了如胸口揪心般的恋爱之痛…
在青梅竹马小兰（忽那汐里 饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平 饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则 饰）的表演。飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜 饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐慌。工藤新一就在1万英尺的高空展开推理。好不容易来到京都摄影所，针对男主角樱庭（中村俊介 饰）的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次（松坂桃李 饰）展开竞技般的推理…… 本片根据青山冈昌的同名人气漫画改编。
