照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。
在未來宇宙中，吉利特種族因長年生存於資源嚴重匱乏的星球上，爭奪成為他們賴以維生的最終手段，世代的演化讓每一個吉利特族人都是強悍戰士，只為佔領星球上珍貴稀有的資源：綠洲。莫特嘉在族人中顯得相當獨特，不只是因為他武藝高超，潛藏在驍勇外表下他擁有一顆對生命無限的敬畏與溫柔。然而面臨部落存亡之際，他必須運用機智與敏捷來戰勝對綠洲資源虎視眈眈的安多瓦迦部落…。
